Droplet Digitale RT-PCR om SARS-CoV-2-varianten in afvalwater te monitoren

Binnen het Wastewater4covid project hebben we onlangs RT-ddPCR op afvalwatermonsters onderzocht voor de specifieke detectie van mutatie N501Y. Met deze assay konden we varianten met de 501Y-mutatie en Wild Type (WT, dat 501N bevat) SARS-CoV-2 RNA gelijktijdig meten. Gegevens van rioolwatermonsters uit de steden Amsterdam en Utrecht toonden aan dat we met deze methode zowel de concentraties als de verhoudingen van WT en N501Y bevattend SARS-CoV-2 RNA in afvalwatermonsters konden bepalen. De opkomst van N501Y in Amsterdam en Utrecht afvalwater kwam overeen met de opkomst van B.1.1.7 in de Nederlandse bevolking. Deze resultaten geven aan dat RT-ddPCR van afvalwatermonsters een instrumentzou kunnen zijn bij het monitoren van de opkomst van de N501Y-mutatie in de bevolking. De RT-ddPCR-methode zou een gevoelige en nauwkeurige monitoring van huidige (zoals K417N, E484K) of toekomstige mutaties in zorgwekkende SARS-CoV-2-varianten mogelijk kunnen maken. Het monitoren van het ontstaan van deze mutaties in de bevolking via afvalwater is snel, efficiënt. Hierdoor kan het  de besluitvorming inzake preventieve maatregelingen ondersteunen.

Het Wastewater4COVID project werd gefinancierd door TKI Health Holland in EUREKA project WASTEWATER4COVID.